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1、有机物污染
 
有机污染是目前反渗透行业难解决的问题。原水中含有的有机物或者是前处理系统投加有机药剂不当都会造成膜的污染。反渗透膜是有机材料，本身会引起细菌、病毒、藻类等的滋生和繁殖。反渗透进水中存在较多的有机物质(BOD5)，也会促进微生物滋生；若给水中添加过量的磷系等有机阻垢剂，再加上反渗透给水温度适宜，会促进微生物迅速生长。
 
微生物包括细菌、藻类、真菌及其芽孢、孢子和病毒。细菌颗粒极小，一般为1~3 μm，病毒则更小，约为0.01~0.2 μm，藻类、真菌比细菌大很多。而细菌的数量通常很庞大，一滴水中多的时可含有几千万个，极少时1mL 水中也会含有几个、几十个。
 
地表水含微生物较多，近年来在地下水中也常发现细菌繁衍污染水质的事例。微生物可视为胶体，带有负电荷，通过凝聚、过滤可除去大部分，但彻底除去则十分困难而复杂，尽管采用氯化消毒、氧化等手段，仍会有少数存在，甚至以孢子的形式暂时隐蔽起来。
 
当膜表面滋生出大量生命力旺盛的微生物时，覆盖在膜表面的微生物及其产生的粘液不仅会堵塞膜孔，使膜的脱盐能力下降，使膜在运行中压差上升，产水量下降；而且还会破坏反渗透膜的脱盐层，这种破坏是不可恢复的。